Seit 1954, dem ersten Angriff von Godzilla, wurde Tokyo etliche Male von Riesenmonstern angegriffen. Daher wurde die AMMT (Anti-MegaMonster Troop) gebildet. 1999 mussten sie jedoch gegen Godzilla den Kürzeren ziehen. Aber vier Jahre später sieht die Welt besser aus. Ihre neue Waffe Mechagodzilla ist fertig und soll dank moderner Waffen den Sieg nach Hause bringen. Wird Godzilla den Kampf gegen Mechagodzilla überleben?