Der clevere, gutherzige Kubo schlägt sich mühsam durch, indem er den Leuten in seinem Küstenstädtchen Geschichten erzählt. Doch seine relativ ruhige Existenz wird erschüttert, als er versehentlich einen Geist aus seiner Vergangenheit heraufbeschwört, der vom Himmel herabgestürmt kommt, um uralte Rache zu nehmen. Jetzt auf der Flucht, verbündet sich Kubo mit Monkey und Beetle und tritt eine aufregende Reise an, um seine Familie zu retten und das Rätsel seines gefallenen Vaters zu lösen, des größten Samurai-Kriegers, den die Welt je gesehen hat. Mit Hilfe seines Samisen - ein dreisaitiges magisches Musikinstrument - muss er gegen Götter und Monster kämpfen, wie den rachsüchtigen Mondkönig und die bösen Zwillingsschwestern. Nur dann kann Kubo das Geheimnis um sein Erbe entschlüsseln, seine Familie wieder vereinen und sein heroisches Schicksal erfüllen.
