Death and Rebirth bietet den Zusammenschnitt der wichtigsten Szenen aus der TV Serie Neon Genesis Evangelion und fügt neues beziehungsweise unausgestrahltes Material dazu. Zusätzlich beinhaltet der Film eine Vorschau auf den zweiten Film End of Evangelion.
The End of Evangelion bietet ein alternatives Ende zur TV-Serie und ersetzt die Folgen 25 und 26 der Serie. Nachdem der letzte Engel besiegt wurde, wird NERV von SEELE durch die JSDF angegriffen, um zu verhindern, dass sich Gendo mit NERV gegen SEELE stellt. Zudem will SEELE die EVA-Einheiten und Magi unter ihre Kontrolle bringen, um das Human Instrumantality-Projekt ausführen zu können. Einzig Shinji und Asuka, die im Krankenhaus liegt, sind noch übrig, um mit den EVA gegen Seele zu kampfen.
Evangelion 1.01 - You are (not) alone ist ein Remake der alten Serie und umfasst die ersten 6 Episoden. Er liefert eine alternative Handlung und unterscheidet sich stark von seinem Original. So haben Charaktere teilweise eine andere Persönlichkeit und auch die Geschehnisse verlaufen anders als in der Serie. Zudem ist die technische Qualität deutlich höher als die der alten Serie.