Auf der Suche nach zwei vermissten Bundesbeamten verschlägt es Geheimagent Ethan Burke (Matt Dillon) in die idyllische Kleinstadt Wayward Pines, Idaho. Doch statt Antworten fördern seine Nachforschungen nur noch mehr Fragen zutage. Mit jedem Schritt näher zur Wahrheit entfernt sich Ethan weiter von dem Leben, das er kannte, und von dem Ehemann und Vater, der er war - bis er sich der schrecklichen Realität stellen muss, dass er Wayward Pines nicht mehr lebend verlassen könnte.