Yugi Muto, ein schüchterner, oft schikanierter Teenager, hat ein Faible für Spiele. Eines Tages fällt ihm ein geheimnisvolles, uraltes ägyptisches Puzzle - das "Millenniumspuzzle" - in die Hände und Yugi schafft das, woran alle vor ihm gescheitert sind: Er setzt das Puzzle vollständig zusammen. Dadurch erweckt er den Geist eines mehrere tausend Jahre alten Pharaos, mit dem er sich fortan seinen Körper teilt. Wann immer einer von Yugis Freunden von jemand Bösem bedroht wird, übernimmt dieser Yami Yugi, wie der Pharao genannt werden möchte, die Kontrolle und fordert den Übeltäter zu einem riskanten Spiel heraus, das die wahre Natur eines Menschen enthüllt. Doch das Millenniumspuzzle ist nur eines von sieben magischen Millenniumsartefakten, die demjenigen, der sie besitzt, die Macht verleihen, die Welt zu beherrschen - oder zu zerstören. So muss sich Yugi gegen zahlreiche Bösewichte zur Wehr setzen, während er die verloren gegangenen Erinnerungen des Pharaos wiederherzustellen versucht.