Hobbydetektiv Shinichi Kudo, ein 17-jähriger Schüler, hat der Polizei schon oft dabei geholfen, Verbrechen aufzuklären. Doch als er eines Nachts einen Verdächtigen verfolgt, kommt es zu einem Zwischenfall, der alles verändert: Shinichi wird von zwei Männern attackiert und dazu gezwungen, ein experimentelles Zellgift einzunehmen. Doch statt zu sterben, wie es seine Peiniger vorgesehen hatten, findet er sich plötzlich in einem um etwa zehn Jahre verjüngten Körper wieder, zum Glück, ohne dass seine brillanten geistigen Fähigkeiten auch davon betroffen wären. Auf Anraten von Freund und Nachbar Prof. Hiroshi Agasa, einem genialen Erfinder, beschließt Shinichi, seine wahre Identität zu verbergen, bis er mehr über die geheimnisvolle Organisation hinter dem Ganzen herausgefunden hat und sich zurückverwandeln kann. Zur Tarnung nennt er sich Conan Edogawa und zieht bei Kindheitsfreundin Ran ein. Während er Rans Vater, dem erfolglosen Privatdetektiv Kogoro Mori, bei seinen Fällen unauffällig unter die Arme greift, beginnt er mit seinen eigenen Nachforschungen.