Der Film spielt in München im Jahr 1923. Es sind zwei Jahre vergangen seitdem Edward Elric in unsere Welt kam und seinen Bruder mitsamt aller Freunde zurückgelassen hat. Er hat keine alchemistischen Kräfte mehr und arbeitet an der Erforschung von Raketen, um eines Tages wieder in seine Welt zurückkehren zu können. Dann erfährt er von einer okkultistischen Gruppe an einem mysteriösen Ort namens Shambala. Edwards macht sich auf den Weg dorthin und hofft, eine Verbindung zu seiner Welt zu finden.