Das Animaniacs-Spin-off konzentriert sich ganz auf Pinky und Brain, zwei genmanipulierte weiße Labormäuse, die in den "Acme Labs" zu Hause sind. Der egozentrische, aber hochintelligente Brain hat es sich in seinen überdimensionalen Kopf gesetzt, die Weltherrschaft an sich zu reißen. Um sein großes Ziel zu erreichen, tüftelt er tagsüber immer wieder kreative, komplexe und in höchstem Maße absurde Pläne aus, die er nach Feierabend, wenn alle Laborarbeiter fort sind, in die Tat umzusetzen versucht. Pinky - unterbelichtet, naiv, hyperaktiv, optimistisch und damit das komplette Gegenteil seines Partners - teilt Brains Besessenheit zwar nicht, hilft aber trotzdem mit so gut er kann, auch wenn Brain ziemlich ruppig mit ihm umspringt. Doch so ausgeklügelt die Pläne zur Welteroberung auch sind, am Ende schlagen sie immer fehl - was Brain allerdings nicht davon abhält, es jeden Tag aufs Neue zu versuchen.