Der Ableger von JAG - Im Auftrag der Ehre zeigt ein fiktives "Major Case Response Team", eine Elite-Einheit des "Naval Criminal Investigative Service", bei der Arbeit. Von ihrem Sitz in Washington, D.C. aus untersuchen diese Spezialisten, die außerhalb der militärischen Befehlskette stehen, alle kriminellen Aktivitäten rund um die US-Navy und das Marine-Korps, von Mord, Entführungen und Spionage bis hin zu Terrorismus und gestohlenen U-Booten. Angeführt wird das Team von Special Agent Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), einem toughen, erfahrenen Ermittler, der genau weiß, wann er ein Auge zudrücken muss, um zum Ziel zu kommen. Gibbs und seine Leute arbeiten in der Regel eng mit der Goth-Forensikerin Abby Sciuto (Pauley Perrette) und Gerichtsmediziner Dr. Donald "Ducky" Mallard (David McCallum) zusammen.