Der Babylon 5-Ableger spielt im Jahr 2267, also fünf Jahre nach den Ereignissen der Originalserie und unmittelbar nach dem Fernsehfilm Babylon 5 - Waffenbrüder. Seit dem Ende des Schattenkriegs sind sechs Jahre vergangen, als die Drakh, ehemalige Verbündete der Schatten, die Erde mit einem Nanovirus verseuchen, der innerhalb von fünf Jahren alles Leben auslöschen wird, wenn niemand etwas dagegen unternimmt. Die "Excalibur", ein Schiff der Interstellaren Allianz, bricht unter dem Kommando von Captain Matthew Gideon (Gary Cole), der extra für die Mission ausgewählt wurde, auf, um nach einem Gegenmittel zu suchen. Zur Crew gehören auch Gideons telepathisch begabter Erster Offizier Lt. John Matheson (Daniel Dae Kim), Archäologe Max Eilerson (David Allen Brooks), Technomagier Galen (Peter Woodward), Bordärztin Dr. Sarah Chambers (Marjean Holden) und Diebin Dureena Nafeel (Carrie Dobro), die letzte Überlebende ihrer Art.