Gegen Ende des Zweiten Weltkriegs ist in Alaska ein Raumschiff mit außerirdischen Insassen abgestürzt. Ein Teil der Überlebenden wird seither von der US-Regierung in einer Geheimbasis festgehalten, der Rest konnte fliehen und hat sich inzwischen in die menschliche Bevölkerung eingegliedert. Kurz nach seinem Amtsantritt erfährt der neue US-Präsident Elias Martinez (Blair Underwood) von der Einrichtung und sucht das Gespräch mit der Anführerin der Inhaftierten, Sophia Maguire (Laura Innes). Daraufhin beschließt er, die Aliens freizulassen und ihre Existenz nicht länger geheim zu halten. Doch bevor Martinez seinen Plan in die Tat umsetzen kann, kommt es zu einem Attentat auf ihn, das auf unerklärliche Weise vereitelt wird. Ihm wird klar, dass einige Außerirdische der Gefangennahme entgangen sind und sie die Befreiung ihrer Leute mit allen Mitteln sicherstellen wollen, während die unbekannten Verschwörer offenbar genau das zu verhindern versuchen. Auch Programmierer Sean Walker (Jason Ritter) wird unfreiwillig in die Geschehnisse hineingezogen, als seine Freundin Leila Buchanan (Sarah Roemer) auf einer Karibikkreuzfahrt unter mysteriösen Umständen verschwindet.