Jahrelang dachte SD-6-Agentin Sydney Bristow (Jennifer Garner), sie arbeite für eine Abteilung des CIA und damit für die Guten. Doch als sie ihrem Verlobten von ihrem Job erzählt und der kurz danach von ihren Kollegen brutal ermordet wird, stellt sich heraus, dass SD-6 in Wirklichkeit zur "Allianz der Zwölf", einem internationalen Verbrechersyndikat und Staatsfeind der USA, gehört. Daraufhin bietet Sydney dem echten CIA an, SD-6 als Doppelagentin auszuspionieren und von innen heraus zu bekämpfen, genau wie ihr Vater Jack (Victor Garber), zu dem sie seit dem Tod ihrer Mutter ein angespanntes Verhältnis hat. Fortan liefert sie ihrem charmanten CIA-Kontaktmann Michael Vaughn (Michael Vartan) wertvolle Informationen über SD-6 und setzt zusammen mit Jack alles daran, ihre Missionen scheitern zu lassen und so die Pläne der Organisation zu durchkreuzen. Währenddessen muss Sydney aber höllisch achtgeben, dass ihre geheimen Identitäten nicht auffliegen, sowohl gegenüber dem SD-6 als auch gegenüber ihren Freunden. Erfinder der Serie ist der spätere Lost-Schöpfer J.J. Abrams.
