Napoleon Dynamite ist eine animierte Version der gleichnamigen Komödie von 2004 und knüpft auch inhaltlich daran an. Im englischen Original leihen Jon Heder und die anderen Hauptdarsteller den Figuren, die sie schon im Film verkörpert haben, ihre Stimmen. Der etwas sonderbare Teenager Napoleon Dynamite lebt zusammen mit Familie und Freunden in der ländlichen Kleinstadt Preston, Idaho. Seine Hobbys sind das Hip-Hop-Tanzen, das Zeichnen von Comics, das Tetherball-Spielen und das Üben von echten Ninja-Moves. Wenn er gerade nicht mit einem dieser Dinge beschäftigt ist, legt er sich mit seinem verhassten, jämmerlichen Bruder Kip an, einem 32-jährigen Arbeitslosen, der die meiste Zeit über vor dem Computer hockt und online nach weiblichen Bekanntschaften sucht. Zu Napoleons Freundeskreis gehören der schüchterne, ruhige Mexikaner Pedro Sánchez und Deborah "Deb" Bradshaw, die das Gute in ihm sieht und heimlich in ihn verschossen ist.