Am 21. März 1963 verschwanden 256 Häftlinge und 46 Wärter spurlos aus dem Hochsicherheitsgefängnis auf Alcatraz. Um dieses unerklärliche Ereignis zu vertuschen, behauptete die Regierung, dass die Insassen notgedrungen verlegt werden mussten. Trotzdem kam der junge Agent Emerson Hauser (Sam Neill), der 1963 dafür zuständig war, neue Sträflinge nach Alcatraz zu bringen, der Wahrheit als einer der ersten auf die Schliche. Fünfzig Jahre später, im heutigen San Francisco, tauchen die Verschollenen plötzlich einer nach dem anderen wieder auf, um keinen Tag gealtert, ohne Kenntnisse über ihren Verbleib und bestrebt, mit ihren Verbrechen fortzufahren. Mysteriöserweise scheint die Regierung sie schon erwartet zu haben, denn Hauser leitet nun eine geheime Spezialeinheit, deren Aufgabe es ist, die Rückkehrer aufzuspüren. Dabei sollen ihm Det. Rebecca Madsen (Sarah Jones), die gerade den Tod eines Alcatraz-Gefangenen vor dreißig Jahren untersucht, und Comicfan Dr. Diego "Doc" Soto (Jorge Garcia) helfen. Beide merken schnell, dass es nicht mit rechten Dingen zugeht und Hauser ihnen etwas verschweigt.