Im Jahr 2018 hat die Menschheit fast alle natürlichen Ressourcen der Erde ausgebeutet, nur jene auf dem Meeresgrund noch nicht. Also hat man auch die Ozeane besiedelt und die "United Earth Oceans" gegründet, eine globale militärische Organisation, die als eine Art Unterwasserpolizei fungiert. Capt. Nathan Bridger (Roy Scheider), ein hochrangiges Ex-Mitglied der UEO, lässt sich dazu überreden, aus seinem Ruhestand zurückzukehren und das Kommando über das Hightech-U-Boot "seaQuest DSV 4600", das er einst selbst entworfen hat, zu übernehmen, um die Meere zu patrouillieren. Zur Crew gehören sein Stellvertreter Cdr. Jonathan Ford (Don Franklin), das junge Computergenie Lucas Wolenczak (Jonathan Brandis) und Ärztin Dr. Kristin Westphalen (Stephanie Beacham). Während den ersten beiden Staffeln war Steven Spielberg als ausführender Produzent an Bord, in der finalen Staffel wurde die Serie dann in seaQuest 2032 umbenannt.