Nach 130 Mio. Jahren taucht der schreckliche King Ghidorah wieder auf der Erde auf. Diesmal will das grausame und unermesslich starke Monster alle Kinder der Welt töten, um die Menschheit komplett auszurotten. Kann Mothra etwas gegen den übermächtigen Gegner ausrichten? Es scheint nur eine Möglichkeit zu geben: Eine Reise zurück in die Vergangenheit, um Ghidora bereits in jungen Jahren zu vernichten!