Der zweite Ableger von Stargate Kommando SG-1 hat mit der Originalserie nicht mehr viel gemeinsam, auch wenn er im selben Universum angesiedelt ist. Ein heftiger Alienangriff auf die Ikarus-Basis zwingt eine Gruppe von Soldaten, Forschern und Zivilisten zur Flucht durch das Sternentor. Sie alle landen an Bord der "Destiny", einem unbemannten, riesigen und uralten Raumschiff, das die Antiker, die legendären Erbauer der "Stargates", einst für ein Experiment nutzen wollten, dann aber zurücklassen mussten. Der Haken an der Sache: Die "Destiny" ist mehrere Millionen Lichtjahre von der Erde entfernt und hat einen festen Kurs eingeschlagen, von dem sie sich nicht abbringen lässt. Es weiß also niemand, wohin die Reise geht. Den Flüchtlingen bleibt vorerst nichts anderes übrig, als ihr Schicksal zu akzeptieren und mit ihrer eigentlichen Mission fortzufahren, dem Erkunden neuer Planeten. Derweil stehen ihre beiden zerstrittenen Anführer, Col. Everett Young (Louis Ferreira) und der verschrobene, aber geniale Wissenschaftler Dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle), vor der schwierigen Aufgabe, das bunt gemischte Team am Leben und bei Laune zu halten, die unvermeidlichen Konflikte zu ersticken und gleichzeitig herauszufinden, wie eine Heimkehr möglich ist.