Im ersten Spin-off zu Stargate Kommando SG-1 ist es endlich soweit: Atlantis wird gefunden. Allerdings befindet sich die sagenumwobene Stadt nicht mehr auf der Erde, sondern in der weit entfernten Pegasus-Galaxis, wo sie die Antiker vor Tausenden von Jahren im Ozean versenkt haben, um sie nicht in die Hände der vampirartigen Wraiths fallen zu lassen. Eine Expedition unter dem Kommando von Diplomatin Dr. Elizabeth Weir (Tori Higginson) soll ihre Geheimnisse lüften. Kaum dort angekommen, gibt es allerdings auch schon Probleme: Nach seinem Tiefschlaf kann Atlantis seinen Schutzschild nicht länger aufrechterhalten und taucht wieder auf. Und zu allem Überfluss reicht die Energie nicht einmal aus, um per Sternentor Kontakt zur Erde aufzunehmen, geschweige denn zurückzureisen. Somit ist die Gruppe auf sich allein gestellt und muss in der unbekannten Galaxis nach Hilfe suchen, wenn sie nicht für immer in Atlantis festsitzen will. Major John Sheppard (Joe Flanigan), ein Draufgänger und Piloten-Ass, führt den ersten Außeneinsatz an, begleitet von Lt. Aiden Ford (Rainbow Sun Francks), dem neurotischen, aber genialen Astrophysiker Dr. Rodney McKay (David Hewlett) und Teyla Emmagan (Rachel Luttrell), der Anführerin der Athosianer, die als neue Freunde gewonnen werden können. Unglücklicherweise weckt das Team mit den Wraith auch gleich einen mächtigen neuen Feind.