Die Karriere des Ozeanographen Steve Zissou ist am Ende. Seine Filme floppen beim Publikum und bei seinem letzten Dokumentarfilm verlor er seinen besten Freund durch einen gestreiften Hai. Und so begibt sich Steve auf die Suche nach dem Hai, um Rache zu üben. Leider fehlt Zissou das Geld für die Expedition und so muss er sich mit einigen Handicaps zufrieden geben, um sein Vorhaben überhaupt starten zu können.