The Mutant Chronicles spielt im 28. Jahrhundert. Die Erde wurde von der Gier großer Konzerne ausgebeutet. Und so kämpfen vier Konzerne (Bauhaus, Imperial, Capital, Mishima) um die letzten Ressourcen der Erde in einem ewig andauernden Krieg. Doch im Untergrund lauert die wirkliche Gefahr für die Menschheit. Vor Jahrhunderten landerte eine außerirdische Maschine auf der Erde, die in der Lage ist, Menschen in Mutanten zu verwandeln. Als während einer Schlacht zwischen Bauhaus und Imperial die Maschine freigelegt wird, steht die Menschheit kurz vor der Vernichtung. Doch eine Gruppe Soldaten wagt sich an ein Himmelfahrtskommando. Gemeinsam wollen sie zur Maschine vordringen und vernichten.
