Tausende von Jahren in der Zukunft ist die Menschheit Teil des intergalaktischen Commonwealth, der drei Galaxien und unzählige Kulturen unter seinem Banner vereint. Die Ehrengarde, eine Armada von Raumschiffen, sorgt dafür, dass der Friede gewahrt bleibt. Doch dann gerät die gesamte Flotte, darunter auch die "Andromeda Ascendant" unter dem Kommando von Captain Dylan Hunt (Kevin Sorbo), in einen Hinterhalt. Nachdem Hunt seine Crew notgedrungen evakuiert hat, steuert er sein Schiff zu nah an den Ereignishorizont eines Schwarzen Lochs heran und wird eingefroren. 303 Jahre später findet ihn das Bergungsschiff "Eureka Maru". Als er erfährt, dass das Commonwealth und die Ehrengarde gefallen sind und nun überall Chaos herrscht, beschließt Hunt, mit Hilfe der "Andromeda" ein neues Commonwealth aufzubauen. Dazu rekrutiert er den nietzscheanischen Söldner Tyr Anasazi (Keith Hamilton Cobb) als Waffenoffizier und obendrein die komplette Besatzung der "Eureka Maru", einschließlich Captain Beka Valentine (Lisa Ryder), die er zu seiner Ersten Offizierin ernennt.