In War Zone stehen erneut die Racheambitionen von Punisher Frank Castle im Mittelpunkt. Sechs Jahre ist Castle nun schon dabei, das Verbrechen abseits gesetzlicher Vorgaben von der Straße zu fegen. Als er bei einer Gangsterparty, die für den Unterweltboss Gautano Caesar veranstaltet wird, kräftig aufräumt, entstellt Castle nicht nur den Gangster Billy Russoti (Dominic West), sondern tötet auch einen Handlanger der Gangster. Wie sich nachträglich herausstellt, handelt es sich bei diesem aber um einen Undercover FBI-Agenten. Aus Rache will dessen Partner Paul Budiansky (Colin Salmon) den Punisher der Gerechtigkeit überführen. Castle dagegen ist schockiert von den Ereignissen und will seine Waffen an den Nagel hängen, trotz des eigentlich guten Zweckes. Doch er hat die Rechnung ohne den entstellten Russoti gemacht, der ebenfalls auf Rache aus ist. Dieser scharrt unter dem Pseudonym "Jigsaw" ein Gruppe psychiotischer Verbrecher um sich. Als Jigsaw die Familie des ermordeten FBI-Agenten entführt, muss der Punisher erneut in Aktion treten, um die Unschuldigen zu retten, die durch seine Schuld in die Schusslinie geraten sind.