Im Jahr 2011 ist nahezu die gesamte Menschheit durch eine Seuche ausgelöscht worden. Unter der Leitung von Wissenschaftlern haben die wenigen Überlebenden einen Stadtstaat errichtet, der gegenüber der Außenwelt abgeschirmt ist. Doch eine militante Gruppe, die im Untergrund agiert, hat das Ziel, die Macht der Wissenschaftler zu brechen. Topagentin Aeon Flux erhält den Auftrag, den Vorsitzenden zu töten...