Drei Jahre nachdem Makoto Kusanagi ihren leiblichen Körper aufgegeben hat, ist nun Batou der neue Chef der "Sektion 9". Er und sein neuer Partner Togusa ermitteln in einem mysteriösen Mordfall. Die Welt hat sich derweil weiter verändert. Menschen gibt es fast gar nicht mehr, da industriell gefertigte Roboterteile und -körper das vergängliche Menschenfleisch größtenteils ersetzt haben.