Noch mindestens zwei weitere Filme lang, in Mission: Impossible 7 und Mission: Impossible 8, wird uns Tom Cruise als Ethan Hunt mit atemberaubender Action begeistern. Allerdings wäre damit fast schon lange Schluss gewesen. Damals vor Mission: Impossible - Phantom Protokoll ging ja das Gerücht um, Jeremy Renner werde als sein Nachfolger und das neue Gesicht des Mission: Impossible-Franchise in Stellung gebracht. Mitten in der Produktion kam jedoch Christopher McQuarrie an Bord, um das Drehbuch zu überarbeiten... und am Ende nahm Renners Agent Brandt dann keineswegs Hunts Platz ein.
Was er aber ursprünglich sollte, er oder jemand anders. Kameramann Robert Elswit packte im "Light the Fuse"-Podcast über die Originalversion von Mission: Impossible - Phantom Protokoll aus. Die hätte damit enden sollen, dass Cruise aufhört, Ethan Hunt der Agent zu sein, und Ethan Hunt der IMF-Sekretär wird. Laut Elswit wollte man ein weiteres IMF-Team mit einem anderen Schauspieler - vielleicht Renner, vielleicht auch nicht - zusammenstellen und es durch eine Reihe wilder Ereignisse jagen. Letztendlich sollte Hunt der neue Sekretär werden, nachdem er von seinen Kollegen befreit und der alte getötet wurde, und ein neuer Agent das Franchise übernehmen. Alle hatten dem quasi zugestimmt, sagt Elswit.
Das Finale des Films hätte sich auch nicht im Parkhaus abgespielt: Am Ende hätte es eine große Schlacht im Schnee gegeben, bei der alles Mögliche passiert, und dann wäre Hunt zum Sekretär befördert worden. Er könne sich nur nicht daran erinnern, wer der neue Top-Agent gewesen wäre, aber das sei jetzt ja auch egal, meint Elswit. All diese Pläne änderten sich, als McQuarrie hinzustieß und sich mit Cruise zusammensetzte, um zu überlegen, wie sie das Skript reparieren könnten. Er habe die letzte Hälfte umgeschrieben, vielleicht auch mehr, und dafür gesorgt, dass ein paar Dinge, die zu Beginn gedreht worden waren, geändert werden mussten, indem Dialogzeilen ergänzt und kleine Teile neu gedreht wurden, damit alles Sinn ergibt. So kam es, dass Hunt nicht Sekretär wurde, sondern weiter seiner einsamen Wege ging.
