Während der Bakumatsu-Unruhen vergoss Kenshin Himura als legendärer Assassine "Hitokiri Battosai" das Blut vieler Menschen, doch nach Kriegsende schwor er, nie wieder jemanden zu töten und nur noch ein Sakabato, ein Schwert mit umgedrehter Klinge, zu benutzen. Seither streift er von Ort zu Ort und bietet seine Dienste all jenen an, die Hilfe oder Schutz bedürfen, um Sühne für sein Taten zu leisten und den Frieden Japans zu erhalten. Doch als er 1878, im elften Jahr der Meiji-Ära, nach Tokio kommt, wird Kenshin mit seiner dunklen Vergangenheit konfrontiert, denn ein Mann, der sich als Battosai ausgibt, bedroht die junge Kendo-Lehrerin Kamiya Kaoru. Nachdem Kenshin den Hochstapler ausgeschaltet hat, findet Kamiya heraus, mit wem sie es zu tun hat, erkennt aber schnell, dass der "echte" Battosai seinem Ruf als gefühlskalter Killer ganz und gar nicht gerecht wird, und bietet ihm einen Platz in ihrem Dojo an. Dort freundet sich Kenshin auch mit Kriegsveteran Sagara Sanosuke, Waise Myojin Yahiko und Ärztin Takani Megumi an, während er sich alten und neuen Feinden stellen muss.