Dr. Richard Massey (Bill Pullman), ein renommierter Astrophysiker aus Harvard, kehrt nach Hause zurück, nachdem er den Satanisten Isaiah Haden (Michael Massee) hinter Gitter gebracht hat. Der hat seine Tochter bei einem Ritual brutal ermordet und behauptet, dass die Armeen der Dunkelheit schon bald über Gottes Macht triumphieren werden. Der verbitterte Massey, der für Religion nichts übrig hat und fest davon überzeugt, dass sich alles mit Hilfe der Wissenschaft erklären lässt, kauft ihm aber kein Wort ab. Er will nur, dass Haden seine gerechte Strafe bekommt. Doch dann trifft er Schwester Josepha Montefiore (Natascha McElhone), eine strenggläubige Nonne, die die kryptischen Zeichnungen und gemurmelten Bibelverse eines hirntoten Mädchens zu ihm geführt haben. Skeptisch tut sich Massey mit ihr zusammen, um nach Hinweisen dafür zu suchen, dass die Apokalypse, wie sie in der "Johannesoffenbarung" vorhergesagt wird, tatsächlich kurz bevorsteht. Unterdessen schart der selbsternannte Prophet Haden im Gefängnis weitere Anhänger um sich.