Juna Ariyoshi, eine ganz normale Teenagerin, kommt bei einem tragischen Motorradunfall mit ihrem Freund Tokio Oshima ums Leben. Doch auf dem Weg ins Jenseits begegnet sie einem alterslosen Jungen namens Chris Hawken, der in ihr die "Inkarnation der Zeit" erkennt und ihr das Leiden der sterbenden Erde vor Augen führt, verursacht durch die Raaja, wurmähnliche Wesen in allen Größen. Chris bietet Juna an, ihr das Leben zu schenken. Im Gegenzug soll sie der internationalen Organisation SEED helfen, gegen die Zerstörung der Umwelt vorzugehen und den Planeten zu retten. Juna willigt ein und kehrt als Arjuna und mit mächtigen neuen Kräften, die es ihr erlauben, gegen die Raaja zu kämpfen, ins Leben zurück. Mit Chris' Hilfe muss sie lernen, die Bedeutung ihrer Aufgabe zu verstehen und ihre inneren Konflikte zu bewältigen.